یکی دیگر از راه‌های تصفیه‌ی هوا استفاده از یون منفی است؛ اما یون منفی، فیلتر پسیو (غیر فعال ) نیست، بلکه نوعی فیلتر اکتیو یا فعال محسوب می‌شود. ژنراتور یون منفی بارهای منفی را منتشر می‌کند و این بارها به آلودگی‌های هوا (که بار مثبت دارند) می‌چسبد و باعث سنگین شدن این پیوندها شده و آنها را به سطح زمین نزدیک میکند. یون منفی می تواند تنوع بالایی از ذرات معلق در هوا  مانند گرد و غبار، آلرژن ها و ذرات دود را باردار کند تا مکنده تصفیه هوا بهتر و سریعتر بتواند آلودگی های محیط را به سمت خود بکشاند و توسط فیلتر‌های پسیو نظیر هپا و کربن از بین ببرد. 
اما توجه داشته باشید که این ذرات همچنان وجود دارند تا وقتی که آنها را جارو کنید یا از روی وسایل پاک کنید و یا دستگاه‌های تصفیه هوا با فن آلودگی را به داخل خود بکشد. در غیر اینصورت حتی می‌تواند خطرناک باشد !! چون تمام آلودگی‌های محیط را سنگین کرده و در سطح زمین رسانده و کودکان یا افرادی که نشستند یا دراز کشیده‌اند تمام آلودگی‌ها را نفس می‌کشند. پس حتما باید از دستگاه تصفیه هوا فیلتراسیون استفاده کنیم. 

در جریان باشید که یون منفی بعنوان مکمل برای این دستگاه است و استفاده از یونایزر به تنهایی فایده ندارد و حتی ممکن است ضرر هم داشته باشد.